在本作中，玩家将扮演“Agent47”，一位历史上最为出色的终极刺客。游戏的故事从巴黎开始，Agent47发现自己受了重伤，并且身陷险境。《杀手3：契约》将会探索杀人者为了生存而无情杀戮的阴暗心理，将会是系列史上世界观最为阴暗的一部。IO Interactive的常务董事贾诺斯·弗莱瑟说：“《杀手3：契约》将展现杀手新的一面，游戏将充满剧情性，会遭遇到很大的困惑，但更会让玩家去享受一种经历。我们使用的技术将使这款游戏成为市场上最好的游戏之一。”
杀手3游戏背景设定
本作故事设定在1950年代开始，当杀手47号还是特殊调查员时，当时有个相当特殊的五人团体，这五个人有着相同遭遇的出生背景，他们加入了法国的特殊部队，在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够生存作战的病毒程式，虽然最后他们的基地被发现，但是这五个人并没有死，还顺利逃了出去，另一方面，在罗马尼亚的公立医院当中，有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢的血清，这对他们五人团体的研究有着相当大的帮助，当然这个医生变成了许多团体所追杀的目标，而正好47号在欧洲执勤的期间碰到了医生，没多久就被卷入了血清争夺战当中。
杀手3主要叙述杀手47号步入杀手生涯的历程，虽然最后47号选择消失匿迹，但是之后的事件让他觉得，有金钱价值的生活和任务比起匿迹的生活要好的许多，这也是杀手47号行成的原因。
